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センターの業務には管理運営業務、教育・解剖支援業務、形態研究支援業務がある。

Ⅰ:管理運営業務

全ての業務がセンター長の管理下にあり、教員及び総括主任がこれを補佐している。

Ⅱ:教育・解剖支援業務

1. 解剖支援業務
   • 系統解剖支援業務
     西ウィング地階に系統解剖実習室を備え、医学部や医学・医療関係各種学科・学校などの系統解剖実習を支援している。
   • 病理解剖支援業務
     東ウィング２階に病理解剖実習室を備え、京都大学病院や他病院の病理解剖を支援している。
   • 法医解剖支援業務
     東ウィング１階に法医解剖実習室を備え、京都府警の委嘱を受け、法医解剖を支援している。
2. 学生教育支援業務
   • 標本作製支援業務
     形態学の教育に用いる各種の標本を作製している。
   • 資料作成支援業務
     標本のデジタル画像・バーチャルスライドやテキストなどを作成している。

Ⅲ：形態研究支援業務

1. 組織学的研究支援室
   　通常の病理組織標本作製はもとより、特殊染色や免疫染色、蛍光染色などにも対応しており、免疫染色につきましては、自動免疫染色装置のご利用も可能です。
   　また、多重染色組織学的多変量解析に有用なツールである、Tissuemicroarray(TMA)標本作製とバーチャルスライドスキャナを利用したデジタル組織画像撮影もご利用いただけます。さらに、今年度より画像解析ツール（HALO）やRNA-scopeなどの新項目についてもご利用いただけるよう準備をすすめています。
2. 電子顕微鏡室
   　電顕室には、超薄切片を作製して超微細構造を観察する透過型電子顕微鏡(TEM)、組織の表面立体構造を観察する走査型電子顕微鏡(SEM)および集束イオンビーム走査型電子顕微鏡（FIB-SEM）の三種類があります。連続断層像から3D構造を再構築する手法として、当施設ではArray Tomography法およびFIB-SEMTomography法の利用が可能となっています。